Research Projects

NEWS

 September 17, 2025

 AgroSynapsis is proud to have organized our first online workshop

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Workshop title:
“How to Set Up a Marker-Assisted Selection Pipeline – From Phenotype to Genotype: The Modern Revolution in Crop Improvement”

We gathered a small but highly interactive group of participants—from Indonesia to Ecuador—including PhD students and breeders working on from flowers and forest species to rice and potato.

🌱 Together, we explored:
– How to establish markers linked to traits
– How to incorporate these markers into a molecular breeding pipeline
– An integral approach to molecular breeding, highlighting the practical aspects companies should consider when complementing classical breeding with molecular tools

💡 The participants’ enthusiasm and openness showed us a clear wish to build a community for exchanging insights and creating synergies across crops and regions.

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 July 23, 2025

AgroSynapsis Joins a New Introductory Course on Molecular Markers as Leading Instructor

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We are excited to share that Dr Rachil Koumproglou, Founder at AgroSynapsis, has been appointed as the Lead Instructor for the upcoming Molecular Markers 101 course offered by the UC Davis Plant Breeding Academy — an introductory online course designed for everyone in the seed industry!
With over 25 years of experience in molecular marker technologies applied in plant breeding and as the Founder and Chief Scientist of AgroSynapsis, it’s an honor to help launch this accessible and much-needed training.

Course Information

📅 Course dates: March 10 & 12, 2026
💻 Format: Online (two half-day sessions)

Whether you work in breeding, seed production, QA/QC, field operations, sales, administration, or even finance, this course will give you a solid understanding of how molecular tools are transforming plant breeding and seed systems.

🔬 No lab experience needed — just curiosity and a desire to learn!

You’ll gain insights into:
✅ What molecular markers are and why they matter
✅ DNA sampling, genotyping & data interpretation
✅ Marker-assisted selection in breeding
✅ Applications in seed production & QA
✅ How different teams (lab, field, admin) can better collaborate

💬 The sessions include interactive discussion and live Q&A, so bring your questions and real-world challenges.

I’ll be co-teaching alongside Jovan Djordjevic, the Director of the UC Davis Plant Breeding Academy.

👉 Learn more and register


July 15, 2025

Grape Evolution Ltd (Greece) & AgroSynapsis Start Collaboration in Developing Molecular Tools for Grape Breeding

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We’re proud to partner with Dimi Spanos and GrapesEvolution Ltd to develop and apply molecular markers for key grape berry traits.

AgroSynapsis will deliver and validate promising markers using Grapes Evolution’s grape populations, and support the routine use of these markers in breeding programs — helping accelerate precise and efficient grape improvement.

🍇 This is especially valuable in grapevine breeding, where each plant takes 2–3 years to produce fruit for evaluation. By applying molecular markers early on, we can identify desired traits in seedlings, saving time, space, and resources in the field.


May 20, 2025

El Instituto de Fitomejoramiento y Recursos Genéticos (Grecia) y AgroSynapsis inician una colaboración para la identificación de cultivares de olivo

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Nos complace anunciar una nueva colaboración entre AgroSynapsis y los investigadores Christos Bazakos y Ioannis Ganopoulos from the Institute of Plant Breeding and Genetic Resources – ΕΛΓΟ ΔΗΜΗΤΡΑ ELGO DΙΜITRA DIMITRA in Greece.

Juntos, estamos trabajando para establecer y aplicar un sistema de identificación molecular SNP para cultivares de aceitunas, una herramienta fundamental para la autenticidad, la trazabilidad y la protección varietal en la industria olivarera.

Como la última generación de marcadores genéticos, los SNP (polimorfismos de nucleótido único) ofrecen ventajas convincentes sobre los SSR tradicionales: son abundantes, altamente estables, bialélicos y compatibles con plataformas de genotipado de alto rendimiento. Estas características hacen que los SNP sean ideales para la identificación precisa, reproducible y escalable de cultivares.

En este proyecto

AgroSynapsis está diseñando el flujo de trabajo y los estándares de calidad para seleccionar el conjunto mínimo de marcadores SNP de alta información capaces de identificar de forma única todos los cultivares comerciales de aceitunas.

✅El equipo de investigación griego realizará la validación técnica del panel SNP para garantizar la precisión y confiabilidad en diversos antecedentes genéticos.

📌El resultado final será un servicio de toma de huellas dactilares de cultivares de olivo, que permitirá la identificación precisa de cualquier variedad en el mercado.


¡AgroSynapsis estuvo presente en la sesión Stakeholders Meet Researchers” de RECROP! 

May 12, 2025

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We at AgroSynapsis were honored to be invited to this engaging session — a big thank you to Christos Bazakos y Sotirios (Akis) Fragkostefanakis for the kind invitation! It was inspiring to hear about the ongoing efforts to foster dialogue between researchers and the private sector.

📌 Valuable perspectives were shared, and a roadmap is now under development to strengthen synergies across sectors. Thanks to Stella Provelengiou, this project is becoming reality.

If you’re interested in contributing to the development of crop varieties with resilient reproductive systems, we encourage you to join the Recrop Cost network.
🔗https://lnkd.in/d4-9xg9e

Members benefit from a vibrant community and access to tools like an AI-driven platform for identifying strategic collaborations. 🌾🤝


May 10, 2025

Colaboración entre AgroSynapsis y el Instituto de Investigación Agrícola de Oromia, Etiopía

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AgroSynapsis ha establecido una emocionante colaboración entre AgroSynapsis y Behailu Mulugeta (Ph.D.), un mejorador de trigo dedicado (biotecnólogo/genetista) en el Instituto de Investigación Agrícola de Oromia en Etiopía.

Juntos, estamos desarrollando herramientas moleculares para monitorear la resistencia al Fusarium (FHB) en el germoplasma de trigo etíope, un paso vital hacia variedades de trigo más resilientes y productivas.

Estas herramientas potenciarán los programas de mejoramiento locales con precisión y eficiencia, ayudando a los mejoradores a acelerar la selección de líneas resistentes a FHB adaptadas a las condiciones agroecológicas únicas de Etiopía.


May 8, 2025

Lanzamos una nueva herramienta: EpiTrack descubre modelos de interacción de dos genes a partir de poblaciones F2

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En AgroSynapsis, estamos contentos a lanzar EpiTrack, una herramienta en línea gratuita que ayuda a los criadores y genetistas a identificar la interacción epistática entre dos genes basándose en las proporciones de segregación fenotípica de las poblaciones F₂.

¿Qué es la Epistasis?
La epistasis se refiere a las interacciones entre dos genes, donde un gen puede enmascarar o modificar el efecto de otro. Estas interacciones a menudo configuran la expresión de rasgos complejos y alteran las proporciones mendelianas esperadas, un factor crucial en el mejoramiento genético.

¿Por qué es importante para los mejoradores?
Comprender el modelo epistático subyacente permite a los mejoradores:
Preservar alelos esenciales (especialmente en epistasis recesiva) durante el programa de selección
Configurar la composición genética correcta de las líneas parentales para garantizar que la variedad comercial exprese el fenotipo deseado
Predecir las tasas de segregación de rasgos y diseñar los tamaños de población adecuados para garantizar la observación y el mantenimiento de todos los fenotipos deseables.

🛠️ 𝗘𝗽𝗶𝗧𝗿𝗮𝗰𝗸 utiliza pruebas de chi-cuadrado simples para comparar sus índices de segregación F₂ observados con los modelos epistáticos clásicos, todo en una interfaz clara e intuitiva.


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